NAD-IDH terdiri daripada 3 subunit yang dikawal secara alosterik, dan memerlukan ion Mg2+ atau Mn2+ bersepadu. Homolog terdekat yang mempunyai struktur yang diketahui ialah IDH bergantung kepada E. coli NADP yang hanya mempunyai 2 subunit dan 13% identiti dan 29% persamaan berdasarkan jujukan asid amino, menjadikannya berbeza dengan IDH manusia, dan tidak sesuai buat perbandingan rapat. Semua NADP-IDH yang diketahui ialah homodimer.

Kebanyakan isositrat dehidrogenase ialah dimer, dan secara khususnya homodimer (dua subunit monomer yang sama membentuk satu unit dimer). Dalam membandingkan C. glutamicum dan E. coli,[4] monomer dan dimer, masing-masing, kedua-dua enzim didapati "memangkinkan tindak balas yang serupa dengan cekap." Walau bagaimanapun, C. glutamicum direkodkan mempunyai 10 kali lebih banyak aktiviti daripada E. coli, dan tujuh kali lebih kekhususan terhadap NADP. C. glutamicum mengutamakan NADP+ berbanding NAD+. Dari segi kestabilan dengan tindak balas terhadap suhu, kedua-dua enzim mempunyai Tm atau suhu lebur yang sama pada kira-kira 55 °C hingga 60 °C. Walau bagaimanapun, monomer C. glutamicum menunjukkan kestabilan yang lebih konsisten dalam suhu yang lebih tinggi, satu hal yang dijangkakan. Dimer E. coli menunjukkan kestabilan pada suhu yang lebih tinggi daripada biasa disebabkan oleh interaksi antara dua subunit monomer.

Struktur ICDH-1 Mycobacterium tuberculosis (Mtb) yang terikat dengan NADPH dan Mn(2+) telah diselesaikan dengan kristalografi sinar-X. Ia merupakan homodimer, di mana setiap subunit mempunyai lipatan Rossmann, dan domain atas biasa bagi helaian β yang saling mengunci. ICDH-1 Mtb secara strukturnya hampir sama dengan ICDH manusia mutan R132H yang ditemui dalam astrositoma gred 4 CNS WHO, yang dahulunya dikelaskan[5] sebagai glioblastoma. Sama seperti R132H ICDH manusia, ICDH-1 Mtb juga memangkinkan pembentukan α-hidroksiglutarat.[6]